访问与安装,可视化文件或SMILES代码 ================================== .. contents:: :local: 访问与安装 ---------------------------------- 使用Qbics-MolStar有两种方式: - 直接在线访问链接:https://molstar.szbl.ac.cn/viewer - 安装安装包: #. 点击链接进入Qbics-MolStar网站界面:https://molstar.szbl.ac.cn/download/ #. 点击如图所示位置执行下载: .. image:: ./figs1/1.png 分子可视化:本地文件 ---------------------------------- 当前支持文件格式包括:.top,.cif,.gjf,.inp,.mol,.xyz,.pdb,.mwfn,.mol2等等,具体介绍详见https://molstar.szbl.ac.cn/docs/use/\ 。 .. image:: ./figs1/2.png 用户可以通过两种方式实现已知分子坐标的可视化(以.pdb为例): - 直接拖拽文件至Qbics-MolStar界面,即可实现可视化: .. image:: ./figs1/3.png - 选择保存在本地的文件: 1. 点击下方红框按钮,选择希望可视化的文件。 .. image:: ./figs1/4.png 2. 双击选中的文件(此处为c60.pdb)使其加载至Qbics-MolStar: .. image:: ./figs1/5.png 3. 点击 :guilabel:`Apply`,使Qbics-MolStar开始渲染体系,实现可视化: .. image:: ./figs1/6.png 4. 效果如下: .. image:: ./figs1/7.png 分子可视化:在线下载PDB ------------------------------------------------ Qbics-MolStar可以从多种途径下载分子坐标并渲染可视化。以下以PDB为例。 1. 在Qbics-MolStar中键入PDB Id,如 ``6AP4``: .. image:: ./figs1/8.png 2. 点击 :guilabel:`Apply`,要求Qbics-MolStar实现可视化: .. image:: ./figs1/9.png 3. 效果如下: .. image:: ./figs1/10.png 分子可视化:SMILES代码 ------------------------------------------------ Qbics-MolStar还可以根据SMILES, PubChem等导入数据。我们选择SMILES代码作为另一可视化示例。 1. 修改Source为SMILES而非默认PDB: .. image:: ./figs1/11.png 2. 作为本次尝试的SMILES示例,键入要求填写SMILES的位置: ``[H]C(=O)N1C(CNC2=CC=C(C=C2)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)CNC2=C1C(=O)NC(N)=N2``: .. image:: ./figs1/12.png 3. 点击 :guilabel:`Apply`,要求Qbics-MolStar实现可视化: .. image:: ./figs1/13.png 4. 效果如下: .. image:: ./figs1/14.png