可视化轨迹并导出动画
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以XYZ轨迹文件为例查看轨迹并导出动画
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本例中使用的文件可以在这里下载：:download:`Files <https://zhjun-sci.com/qbicsmolstar/input-library/reaction.xyz>`.

1. 通过\ :doc:`tutorial-1`\ 的两种方法（拖拽 / 选择文件）使 .xyz 文件在 Qbics-MolStar 界面显示渲染。
  .. image:: ./figs2/1.png

2. 请注意，可查看轨迹的前提是当前您所选取的 .xyz 文件存在多帧信息。

3. 此处，我们开启\ :guilabel:`Dynamic Bonds`\ 按钮，以动态观察键连的变化。
  .. image:: ./figs2/2.png

4. 点击图形界面左上角\ :guilabel:`Select Animation`\ 按钮，选择不同的轨迹或场景动画演示方式。在此处，我们选择系统默认的 Animate Trajectory 方法（分子模拟轨迹）
  .. image:: ./figs2/3.png

5. 点击\ :guilabel:`Start`\ 按钮，渲染轨迹动画。
  .. image:: ./figs2/4.png
  
5. 动画播放效果如下：
  .. image:: ./figs2/5.gif

6. 点击Qbics-MolStar界面右下角\ :guilabel:`Export Animation`\ 按钮实现轨迹导出功能（此处与\ :guilabel:`Select Animation`\ 按钮下的选择情况一致）。
  .. image:: ./figs2/6.png

7. 点击\ :guilabel:`Render`\ 按钮，使Qbics-Molstar进行轨迹处理。（若提示 Rendering successful 后，您希望更换当前的处理结果，可以点击下方的\ :guilabel:`Clear`\ 做清除处理。）
  .. image:: ./figs2/7.png

8. 存在 4 种文件类型可以导出：MP4，AVI，GIF，MKV。
  .. image:: ./figs2/8.png

9. 确定希望导出的文件类型后，点击\ :guilabel:`Save Animation`\ 导出结果。
  .. image:: ./figs2/9.png

10. 此处作为示例，为您展示 GIF 的输出结果。

	  .. image:: ./figs2/11.gif

以GRO + XTC文件为例查看轨迹并导出动画
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本例中使用的文件可以在这里下载：:download:`Files <https://zhjun-sci.com/qbicsmolstar/input-library/md.tar.gz>`.

XYZ格式中的轨迹既有坐标也有拓扑信息，但是很多分子动力学使用一些二进制格式的轨迹文件，如XTC（GROMACS 压缩格式），它们中并不包含拓扑信息。在 Qbics-MolStar 中，您可以组合任意包含拓扑信息和坐标信息的文件来读轨迹。这里以GRO+XTC来掩饰。

1. 在 \ :guilabel:`Load Files - Model`\ 部分选择 .gro 文件作为体系的初始结构信息（选择文件的操作步骤详见\ :doc:`tutorial-1`\ ）:
  .. image:: ./figs2/12.png	
  
2. 在 \ :guilabel:`Load Files - Coordinates`\ 部分选择 .xtc 文件获取模拟过程中的轨迹坐标信息（选择文件的操作步骤详见\ :doc:`tutorial-1`\ ）:
  .. image:: ./figs2/13.png	
  
3. 点击 \ :guilabel:`Apply`\ 去命令 Qbics-MolStar 渲染轨迹
  .. image:: ./figs2/14.png	
  
4. 渲染结果如下：
  .. image:: ./figs2/15.png	

5. 重复本篇教程的上一示例中，关于导出动画的操作流程。
  .. image:: ./figs2/16.png	

6. 此处同样，以 GIF 文件格式作为示例为您展示轨迹动画结果。

	  .. image:: ./figs2/17.gif

以蛋白质为例导出旋转动画
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1. 在此处我们以 3KB0 蛋白质为例。

2. 首先，我们在 \ :guilabel:`PDB Id`\ 位置键入 ``3KB0``， 并点击 \ :guilabel:`Apply`\ 获取蛋白质文件。
  .. image:: ./figs2/19.png		

3. 渲染结果如下：
  .. image:: ./figs2/20.png		

4. 针对蛋白质体系，我们在 \ :guilabel:`Animation`\ 选项中选择 \ :guilabel:`Camera Spin`（旋转相机视角）来进行动画演示
  .. image:: ./figs2/21.png	
 
5. 在 \ :guilabel:`Export Animation`\ 部分，更改默认 \ :guilabel:`Animate Trajectory` 为 \ :guilabel:`Camera Spin`\ 。
  .. image:: ./figs2/22.png	

6. 点击 \ :guilabel:`Render`\ 按钮，使 Qbics-Molstar 实现轨迹渲染：
  .. image:: ./figs2/23.png
  
7. 我们在此处同样选取 GIF 格式的动画，并将输出文件作为示例进行展示。
  
  .. image:: ./figs2/24.png
		
  .. image:: ./figs2/26.gif