可视化电子结构
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通过.mwfn实现电子结构可视化
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本例中使用的文件可以在这里下载：:download:`Files <https://zhjun-sci.com/qbicsmolstar/input-library/15-Crown-5.mwfn>`.

1. 此处以 15-冠醚-5 闭壳层分子体系的单点能计算为例，通过 Qbics-MolStar 可视化其电子结构;

2. 通过\ :doc:`tutorial-1`:的两种方法（拖拽 / 选择文件）使 .mwfn 文件在 Qbics-MolStar 界面显示渲染,结果如下：

  .. image:: ./figs3/1.png

3. 可以观察到，界面左侧会弹出当前渲染体系的文件名：15-Crown-5.mwfn：

  .. image:: ./figs3/2.png
  
4. 渲染体系的分子轨道：

	- 鼠标移动至文件名所在位置，点击右键，选择 :guilabel:`View Molecular Orbitals` 以实现分子轨道渲染的准备工作:

	.. image:: ./figs3/3.png
	
	- 点击 :guilabel:`View Molecular Orbitals` 选项后，会提示当前分子体系的轨道序号。轨道序号越大，轨道的能量越高。同时，\ ``occ``表示当前轨道的占据数。

		- ``occ=0`` 表示未占据的虚轨道；
		- ``occ=2`` 表示完全占据的轨道； 
		- ``occ=1`` 通常表示开壳层体系中的单占轨道。
	
	- 如下图展示，我们发现，轨道序号60为最高占据轨道HOMO，为最后一个 ``occ=2`` 的轨道。轨道序号61为最低非占据轨道，为第一个 ``occ=0`` 的轨道。

	.. image:: ./figs3/4.png
	
	- 此处，我们点击轨道序号\ :guilabel:`60`，以 HOMO 轨道为例进行轨道渲染。默认渲染结果如下：

	.. image:: ./figs3/5.png
		
5. 调整分子轨道渲染样式

	- 调整分子轨道渲染的透明度
	
		- 点击右侧 :guilabel:`Actions` 按钮弹出渲染样式修改框，此处我们修改正相位轨道区域。

		.. image:: ./figs3/6.png
		
		- 默认 ``type`` 为 ``Isosurface`` 选项，除此选项之外，还包括 ``Direct Volumn``, ``Dot``, ``Segment`` 以及 ``Slice``。

		.. image:: ./figs3/7.png
		
		- 在选中 ``Isosurface`` 的基础之上，点击右侧的 :guilabel:`Type Properties` 按钮以进一步获得样式修改选项：

		.. image:: ./figs3/8.png
		
		- 在 :guilabel:`Opacity` 一栏内，通过拖拽进度条或直接键入数字的方式，自定义轨道展示透明度：

		.. image:: ./figs3/9.png
		
		- 默认情况下 :guilabel:`Opacity` 的数值为 ``0.4``。 此处，我们将 :guilabel:`Opacity` 调整至\ ``0.8``，为您演示分子轨道样式的改变：

		.. image:: ./figs3/10.png
	
	- 调整分子轨道渲染的颜色
		
		- 在当前界面右下角，点击色块以获得 :guilabel:`Select Color` 选项，此处我们修改负相位轨道区域：

		.. image:: ./figs3/11.png
		
		- 您可以有两种方式去调整分子轨道渲染的颜色：
			1. 直接选用 :guilabel:`Select Color` 下方默认的色块，如湖蓝色。
			2. 在 :guilabel:`RGB` 选项 中，可以手动输入数值来指定渲染颜色，如 ``RGB(199, 21, 133)``。

		.. image:: ./figs3/12.png
		.. image:: ./figs3/13.png
		
	- 调整分子轨道等值面的数值方式：
		- 在 :guilabel:`Iso Value Kind` 部分存在两种调整等值面的选项
			- :guilabel:`absolute`：使用绝对数值来定义等值面
			- :guilabel:`relative`：使用相对比例来定义等值面（默认）

		.. image:: ./figs3/14.png
		
		- 若我们选取默认 ``relative`` 作为等值面定义的方式，其 :guilabel:`Iso Value` 数值默认为了 ``±5``。 您可以通过拖拽进度条或直接键入数字的方式去修改 :guilabel:`Iso Value` 的数值。 在这里，我们以正相位轨道区域为例，分别为您提供了默认数值（\ ``5``）下的分子轨道渲染以及手动修改（\ ``0.45``）的分子轨道渲染结果：

		.. image:: ./figs3/15.png
		.. image:: ./figs3/16.png		
		
		- 若我们选取 ``absolute`` 作为等值面定义的方式，您同样可以通过拖拽进度条或直接键入数字的方式去修改 :guilabel:`Iso Value` 的数值。在这里，我们同样以正相位轨道区域为例，分别为您提供了默认数值（ ``0.042789``）下的分子轨道渲染以及手动修改（\ ``0.0045``）的分子轨道渲染结果：

		.. image:: ./figs3/17.png
		.. image:: ./figs3/18.png		

6. 渲染体系的其它电子性质, 如 :guilabel:`electron density`（电子密度）：

	- 点击删除或不可见按钮，以消除后续操作中分子轨道显示造成的影响：

	.. image:: ./figs3/19.png	
	
	- 与查看分子轨道的方式类似。 将鼠标移动至文件名所在位置，点击右键，选择 :guilabel:`View Other Wavefunction Properties`：

	.. image:: ./figs3/20.png
	
	- 在弹出的窗口界面，:guilabel:`Format` 一栏选择 :guilabel:`Electron Density`，以实现电子密度的渲染：

	.. image:: ./figs3/21.png
	
	- 点击 :guilabel:`Apply`，实现渲染操作。在这里，我们同时将 :guilabel:`Iso Value`` 调整为 ``0.5``，以便于显示观察：

	.. image:: ./figs3/22.png
	
	- 渲染结果如下所示：

	.. image:: ./figs3/23.png