选择原子、显示编号、以及多种渲染方式
==================================

.. contents::
  :local:

选择原子
----------------------------------

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式，在有的软件中称为representation，在Qbics-MolStar中称为component。可以在分子中，选择一部分原子来进行渲染。“选择原子”的方式在Qbics-MolStar中非常强大。在状态中点击右键，选择 :guilabel:`Add Component`，你可以在 :guilabel:`Language` 中看到多种选择原子的方式：

- Mol Script
- Pymol
- Vmd
- Jmol

.. image:: ./figs4/1.png

只要你会这四种软件的选择方法的任一种，就可以利用这方面的语法来选择原子。

.. hint::
   选择原子的语法，可以参考：  

   - Vmd: https://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/python/pymol/selection/
   - Pymol: https://pymol.org/2/select.html
   - Jmol: http://wiki.jmol.org/index.php/Selecting
   - Mol Script: https://pekrau.github.io/MolScript/selection.html

下面展示：

1. 打开Qbics-MolStar，在 :guilabel:`Download Structure` 中选择 :guilabel:`PubChem`，输入 ``2244``，点击 :guilabel:`Apply`，就可以从PubChem中下载2244号化合物的分子坐标：

.. image:: ./figs4/2.png

2. 在状态中的 :guilabel:`All` 点击右键，选择 :guilabel:`Add Component`，选择 :guilabel:`Vmd`，在 :guilabel:`Selection` 中输入 ``element H``，就可以选中所有的氢原子，再在 :guilabel:`Representation` 中选择 :guilabel:`Spacefill`，点击 :guilabel:`Apply`，就可以把这些氢原子以Spacefill形式显示：

.. image:: ./figs4/3.png

3. 如果想修改Representation，可以右击 :guilabel:`Spacefill`，选择 :guilabel:`Update Decorator` 进行修改。

.. image:: ./figs4/4.png

显示编号
----------------------------------

显示出原子编号是个很方便的功能，在状态中点击右键，选择 :guilabel:`Add Component`，选择 :guilabel:`Vmd`，在 :guilabel:`Selection` 中输入 ``all``，在 :guilabel:`Representation` 中选择 :guilabel:`Label` 点击 :guilabel:`Add Component`，就可以显示出原子编号：

.. image:: ./figs4/5.png

当然，如果在 :guilabel:`Selection` 中输入其它选择原子的语法，就可以显示出所选原子的编号。

多种渲染方式
----------------------------------

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式，下面以一个蛋白质为例。

1. 打开Qbics-MolStar，在 :guilabel:`Download Structure` 中选择 :guilabel:`PDB`，输入 ``1tqn``，点击 :guilabel:`Apply`，就可以从PDB中下载1tqn号蛋白质的分子坐标：

.. image:: ./figs4/6.png

2. 此时，Qbics-MolStar已经默认添加了很多合适的渲染方式。我们现在想选择残基编号为75-85的原子，使之用Ball and Stick方式显示，可以这样做：右键点击 :guilabel:`Assembly 1`，选择 :guilabel:`Add Component`，选择 :guilabel:`Vmd`，在 :guilabel:`Selection` 中输入 ``resi 75 to 85``，在 :guilabel:`Representation` 中选择 :guilabel:`Ball & Stick`，点击 :guilabel:`Add Component`，就可以把这些原子以Ball and Stick方式显示：

.. image:: ./figs4/7.png

3. 如果想只看这一部分，可以点击其它Component上的眼睛按钮，使之不显示：

.. image:: ./figs4/8.png

如果想删除，就可以点击垃圾桶按钮。

4. 如果想修改Component，可以右键点击Component，选择 :guilabel:`Update Decorator` 进行修改。点击三个点的图标，可以更加精细的修改显示方法，例如透明度等

.. image:: ./figs4/9.png