3. 可视化电子结构

通过.mwfn实现电子结构可视化

3.1. 通过.mwfn实现电子结构可视化 

本例中使用的文件可以在这里下载：Files.

此处以 15-冠醚-5 闭壳层分子体系的单点能计算为例，通过 Qbics-MolStar 可视化其电子结构;
通过访问与安装，可视化文件或SMILES代码:的两种方法（拖拽 / 选择文件）使 .mwfn 文件在 Qbics-MolStar 界面显示渲染,结果如下：

可以观察到，界面左侧会弹出当前渲染体系的文件名：15-Crown-5.mwfn：

渲染体系的分子轨道：
- 鼠标移动至文件名所在位置，点击右键，选择 View Molecular Orbitals 以实现分子轨道渲染的准备工作:
- 点击 View Molecular Orbitals 选项后，会提示当前分子体系的轨道序号。轨道序号越大，轨道的能量越高。同时，``occ``表示当前轨道的占据数。
  occ=0 表示未占据的虚轨道；
  
  occ=2 表示完全占据的轨道；
  
  occ=1 通常表示开壳层体系中的单占轨道。
- 如下图展示，我们发现，轨道序号60为最高占据轨道HOMO，为最后一个 occ=2 的轨道。轨道序号61为最低非占据轨道，为第一个 occ=0 的轨道。
- 此处，我们点击轨道序号60，以 HOMO 轨道为例进行轨道渲染。默认渲染结果如下：
调整分子轨道渲染样式
- 调整分子轨道渲染的透明度
  点击右侧 Actions 按钮弹出渲染样式修改框，此处我们修改正相位轨道区域。
  
  默认 type 为 Isosurface 选项，除此选项之外，还包括 Direct Volumn, Dot, Segment 以及 Slice。
  
  在选中 Isosurface 的基础之上，点击右侧的 Type Properties 按钮以进一步获得样式修改选项：
  
  在 Opacity 一栏内，通过拖拽进度条或直接键入数字的方式，自定义轨道展示透明度：
  
  默认情况下 Opacity 的数值为 0.4。此处，我们将 Opacity 调整至0.8，为您演示分子轨道样式的改变：
- 调整分子轨道渲染的颜色
  在当前界面右下角，点击色块以获得 Select Color 选项，此处我们修改负相位轨道区域：
  
  您可以有两种方式去调整分子轨道渲染的颜色：
  
  直接选用 Select Color 下方默认的色块，如湖蓝色。
  
  在 RGB 选项中，可以手动输入数值来指定渲染颜色，如 RGB(199, 21, 133)。
- 调整分子轨道等值面的数值方式：
  
  在 Iso Value Kind 部分存在两种调整等值面的选项
  
  absolute：使用绝对数值来定义等值面
  
  relative：使用相对比例来定义等值面（默认）
  
  若我们选取默认 relative 作为等值面定义的方式，其 Iso Value 数值默认为了 ±5。您可以通过拖拽进度条或直接键入数字的方式去修改 Iso Value 的数值。在这里，我们以正相位轨道区域为例，分别为您提供了默认数值（5）下的分子轨道渲染以及手动修改（0.45）的分子轨道渲染结果：
  
  若我们选取 absolute 作为等值面定义的方式，您同样可以通过拖拽进度条或直接键入数字的方式去修改 Iso Value 的数值。在这里，我们同样以正相位轨道区域为例，分别为您提供了默认数值（ 0.042789）下的分子轨道渲染以及手动修改（0.0045）的分子轨道渲染结果：

6. 渲染体系的其它电子性质, 如 electron density （电子密度）： mi

点击删除或不可见按钮，以消除后续操作中分子轨道显示造成的影响：

与查看分子轨道的方式类似。将鼠标移动至文件名所在位置，点击右键，选择 View Other Wavefunction Properties：

在弹出的窗口界面，Format 一栏选择 Electron Density，以实现电子密度的渲染：

点击 Apply，实现渲染操作。在这里，我们同时将 Iso Value 调整为 0.5，以便于显示观察：

渲染结果如下所示：

3. 可视化电子结构

3.1. 通过.mwfn实现电子结构可视化

3.1. 通过.mwfn实现电子结构可视化 