4. 选择原子、显示编号、以及多种渲染方式

4.1. 选择原子

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式，在有的软件中称为representation，在Qbics-MolStar中称为component。可以在分子中，选择一部分原子来进行渲染。“选择原子”的方式在Qbics-MolStar中非常强大。在状态中点击右键，选择 Add Component，你可以在 Language 中看到多种选择原子的方式：

  • Mol Script

  • Pymol

  • Vmd

  • Jmol

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只要你会这四种软件的选择方法的任一种，就可以利用这方面的语法来选择原子。

Hint

选择原子的语法，可以参考：

下面展示：

  1. 打开Qbics-MolStar，在 Download Structure 中选择 PubChem，输入 2244，点击 Apply，就可以从PubChem中下载2244号化合物的分子坐标：

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  1. 在状态中的 All 点击右键，选择 Add Component，选择 Vmd，在 Selection 中输入 element H，就可以选中所有的氢原子，再在 Representation 中选择 Spacefill，点击 Apply，就可以把这些氢原子以Spacefill形式显示：

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  1. 如果想修改Representation，可以右击 Spacefill，选择 Update Decorator 进行修改。

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4.2. 显示编号

显示出原子编号是个很方便的功能，在状态中点击右键，选择 Add Component，选择 Vmd，在 Selection 中输入 all，在 Representation 中选择 Label 点击 Add Component，就可以显示出原子编号：

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当然，如果在 Selection 中输入其它选择原子的语法，就可以显示出所选原子的编号。

4.3. 多种渲染方式

Qbics-MolStar可以添加任意多个渲染方式，下面以一个蛋白质为例。

  1. 打开Qbics-MolStar，在 Download Structure 中选择 PDB，输入 1tqn，点击 Apply，就可以从PDB中下载1tqn号蛋白质的分子坐标：

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  1. 此时，Qbics-MolStar已经默认添加了很多合适的渲染方式。我们现在想选择残基编号为75-85的原子，使之用Ball and Stick方式显示，可以这样做：右键点击 Assembly 1，选择 Add Component，选择 Vmd，在 Selection 中输入 resi 75 to 85，在 Representation 中选择 Ball & Stick，点击 Add Component，就可以把这些原子以Ball and Stick方式显示：

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  1. 如果想只看这一部分，可以点击其它Component上的眼睛按钮，使之不显示：

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如果想删除，就可以点击垃圾桶按钮。

  1. 如果想修改Component，可以右键点击Component，选择 Update Decorator 进行修改。点击三个点的图标，可以更加精细的修改显示方法，例如透明度等

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